本條例主管機關為促進轉型正義委員會（以下簡稱促轉會），不受中央行政機關組織基準法第五條第三項、第三十二條、第三十六條及行政院組織法第九條規定之限制。
威權統治時期，違反自由民主憲政秩序、侵害公平審判原則所追訴或審判之刑事案件，應重新調查，不適用國家安全法第九條規定，以平復司法不法、彰顯司法正義、導正法治及人權教育，並促進社會和解。
前項平復司法不法，得以識別加害者並追究其責任、回復並賠償被害者或其家屬之名譽及權利損害，及還原並公布司法不法事件之歷史真相等方式為之。
下列案件，如基於同一原因事實而受刑事審判者，其有罪判決與其刑、保安處分及沒收之宣告、單獨宣告之保安處分、單獨宣告之沒收，或其他拘束人身自由之裁定或處分，於本條例施行之日均視為撤銷，並公告之：
一、受難者或受裁判者依二二八事件處理及賠償條例、戒嚴時期不當叛亂暨匪諜審判案件補償條例與戒嚴時期人民受損權利回復條例之規定，而獲得賠償、補償或回復受損權利之刑事審判案件。
二、前款以外經促轉會依職權或申請，認屬依本條例應平復司法不法之刑事審判案件。
檢察官或軍事檢察官於第一項刑事案件為追訴所為拘束人身自由或對財產之處分，準用前項規定。
依前二項規定撤銷之有罪判決、單獨宣告之裁定或處分、有關追訴之處分等前科紀錄，應塗銷之。
第三項第二款及第四項申請人對於促轉會駁回申請之處分不服者，自送達駁回處分之次日起二十日內，得以第一項之事由就該刑事有罪判決、單獨宣告之裁定或處分、有關追訴之處分向高等法院及其分院設立之專庭提起上訴、抗告或聲請撤銷之。
被告死亡者，刑事訴訟法有關被告不到庭不能進行審判及第三百零三條第五款之規定，於前項規定不適用之。
高等法院及其分院設立專庭審理第六項之案件，其組織及相關辦法，由司法院定之。
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