民國91年3月28日配合水利處與水資源局整併為水利署，改制為「經濟部水利署水利規劃試驗所」。民國112年9月26日配合經濟部組織調整，改制為「經濟部水利署水利規劃分署」。
台灣地區由於地理及地形特殊，境內河川大都坡陡流急，每遇豪雨低窪地區常遭水患，又降雨量分配不均豐估懸殊，常造成乾旱，因之對於水患之消除、開發水源蓄洪濟枯，以往均為政府之重要政策。
本分署(前身水利規劃總隊)近50年來亦配合政府重大經建計畫之需，完成各種水利事業之規劃及試驗工作，且大部分計畫付諸實施完成；面對台灣地區無法避免洪患及乾旱之威脅，為防災害，本分署未來工作將依循政府之施政方針，繼續辦理重大水利事業之規劃，並致力於各項試驗研究發展工作，以期規劃、試驗研究並進，以提升水利事業技術。
本分署前身台灣省水利局河川治理規劃總隊，於
民國56年10月2日成立，主要業務為辦理台灣省主、次要河川治理規劃工作。 民國67年7月修正組織規程，改組為台灣省水利局規劃總隊，主要職掌擴大為辦理全省水資源工程規劃調查及試驗工作。 民國71年起再納入海埔地調查規劃及海岸水文觀測業務。 民國87年1月23日為配合台灣省政府水利機關第二階段整合，奉省府86年12月18日八六府人一字第一七四五八五號函核定改制成立「台灣省水利規劃試驗所」，隸屬於台灣省政府水利處，為台灣省政府二級機關。 民國88年7月1日配合台灣省政府組織暨功能業務調整方案，改制為「經濟部水利處水利規劃試驗所」。 民國91年3月28日配合水利處與水資源局整併為水利署，改制為「經濟部水利署水利規劃試驗所」。 民國112年9月26日配合經濟部組織調整，改制為「經濟部水利署水利規劃分署」。
56年
台灣省水利局河川治理規劃總隊
67年
台灣省水利局規劃總隊
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